利用外显子测序技术提取肝癌基因新型标签并获取潜在治疗靶点
     肝癌病因繁多,联系肝癌的病因,检测肝癌基因突变标签类型及突变基因对信号通路的影响,有助于发现治疗靶点及进一步的个体化靶向治疗。来自法国笛卡尔大学,巴黎第十三大学,巴黎狄多罗大学等多中心的研究者们通过对243份肝癌外科手术样本及对应的周围正常肝脏组织样本进行外显子测序分析肝脏发生发展过程中肝癌基因的多样性。首先研究者使用盐析的方法提取样本中的DNA后进行琼脂糖凝胶电泳,切胶回收>10kb的DNA片段。将DNA片段打断后使用安捷伦SureSelect靶向测序捕获试剂盒通过磁珠富集DNA,然后用Illumina HISeq 2000测序平台进行测序,平均测序深度为72× ,目标基因序列的覆盖度为96.9%。
    结果分析:1)通过对正常组织和肝癌组织测序结果进行对比,并经过Sanger测序法验证,最终确定11823种肝癌细胞突变。2)研究者们将测序数据导入Wellcome Trust Sanger研究所的癌症基因标签提取平台,共计96种组合中每个碱基突变组合中所占比例对突变进行分类并以此为基础提取肝癌基因突变标签,共提取4个肝癌基因突变标签,其中2个包括2013年英国艾登布鲁克斯医院信托会使用88份肝癌样盘使用全基因组测序提取的8份肝癌基因标签中,而另外2种标签被认为是新发现的基因突变标签。3)利用MutSigCV平台,将243份肿瘤样本分成6组并识别出161种潜在的驱动基因。4)根据gene ontology数据库分析肝癌发生发展过程中各个潜在的驱动基因中驱动基因对11个信号通路有影响。5)通过分析信号通路,研究中28%的病例已有美国FDA批准的靶向抗肿瘤药物进行个体化治疗并经体外细胞实验验证;而正在进行1期到3期的临床实验的多种药物是86%的病人的潜在靶向治疗药物。
    这项发现了潜在基因治疗靶点,通过对肝癌治疗靶点基因突变类型的检测及分析有助于临床上进行更加精准的个体化治疗。(2013级医学实验技术本科单晶晶,指导老师张萍,转载于《医学参考报—检验医学频道》)